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环氧乙烷灭菌过程在灭菌柜中进行，灭菌柜必须安装在通风良好、远离火源和静电的地方，保持空气流通，使用专门的排气管道，将消毒尾气进行无害化处理。还要定期对环氧乙烷灭菌柜的性能、灭菌指标进行检查，以保障灭菌质量，提供合格无菌物品。
灭菌前，需要将物品彻底洗净，否则菌体表面含有的有机物会影响环氧乙烷的穿透并消耗部分环氧乙烷，而无机盐或者有机晶体中的微生物也难以被环氧乙烷杀灭，灭菌失败的可能性就比较大。并且灭菌物品上不能有水滴或太多水分，以免造成环氧乙烷的稀释和水解。
预处理环节主要是调节产品内部的温度、湿度，这是因为微生物对EO灭活的抗力会受其含水量和温度的影响。一般灭菌条件要求温度约55~60℃，相对湿度在60%~80%。灭菌产品进入预处理室/柜后，由配备的加湿器、加热平台、热风循环系统及空气循环系统来控制温度和湿度，按灭菌细则规定的条件和参数设置进行预处理。预处理结束后一定时间内（一般为60分钟）将产品移至灭菌室。
灭菌通常在容积、规格不等的灭菌柜内进行，灭菌柜一般配有门封密闭及检漏系统，消毒过程保持密封，灭菌过程中绝对不可以开门。
还配有真空系统、加湿系统、加热系统、内循环风机系统和排风系统以及EO加药和充纯氮气入口，不仅可以控制EO气体的进入温度；还可让EOPO环氧乙烷丙烷反应器在真空条件下暴露于环氧乙烷中，实现充分的灭菌，并按工艺要求进行氮置换和氮清洗，灭菌完成后利用真空泵置换出EO废气。
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