清洗消毒时，要先关闭进水阀门等阀门，将水箱中的水通过排水管排净。清洗消毒人员遵循先池顶后底，由里向外的原则，对水箱进行清刷除垢。洗刷和检查完毕，开排水阀或启动潜水泵，排尽污水并用清水冲清，关闭排水阀或潜水泵。用已配成消毒液对内壁自上而下，由里向外，均匀地喷涂箱(池)壁表面，可涂刷至入孔口，退出箱(池)，盖上孔盖。
水箱清洗时间问题。小区用水体量未知，两个连通水箱体积未知，清洗周期长度，甚至水箱材质和内部是否拉筋固定情况、人员工具清洗程度都有影响，所以说不好。两个水箱是可以通过阀门调节从而实现不间断供水的清理水箱的。或者管路留有旁通的话，起码区的水（一般1-6层）是可以保证的。人员如果想验证的话通过水箱顶板人孔查看，或者排污口。
生活饮用水水箱应每年至少进行一次或两次彻底清洁、消毒和水质检查。二次供水水质经卫生行政部门认可的检验机构检验合格后方可使用。从事水箱清洗消毒的单位必须取得当地政府卫生行政部门的卫生许可证，方可从事清洗消毒工作；生活水箱管道送水人员必须每年进行一次健康检查和健康知识培训，合格后方可上岗；保持生活水箱周围的环境清洁，并与有毒场所或污染源保持规定的距离。
生活水箱水池需要定期清洗，否则会影响水质。清洗次数基本上一年两次，特殊情况下可以增加清洗次数。清洗公司清洗完毕后，应支付二次水箱清洗费用，水样送具有“检验资质”的机构进行检测，并出具检测报告，确认清洗后的水质符合国家生活用水标准。关闭主进水阀，关闭水箱之间的连通阀，清洗二次水箱，打开排水阀，排出水箱中的水。