在分子中，碳原子是四面体结构，碳原子之间以单键相连，键角是109.5°，因此分子中的六个碳原子不可能形成平面形的环，而只能形成折曲式的环，在这种环中的其中两种排列方式，分别称为椅型构象和船型构象。在椅型构象中，若使C-2、C-3、C-5和C-6处于同一水平面内，则C-1和C-4分别处于该平面的上面和下面，整个分子像“椅子”,故称椅型构象。它是非平面形的，键角109.5°，故没有角张力。
为什么环己烷与正己烷不同？
正己烷是相似的，除了六个碳原子在一条线上。线末端的碳原子每个仅与一个碳原子键合。这样，末端的每个碳原子有三个氢原子键合，另外两个碳原子键合有两个氢原子，总共有3*2+2*4=14个氢原子。这使得分子式是C6H14。
一般来说，环烷烃的氢原子比相应的正烷烃（碳原子数相同）少两个。原因是一样的：正构烷烃没有从一端的碳原子到另一端的碳原子的键。（注意：原子的位置并不完全正确；例如，正己烷的碳原子“线”实际上是曲折的。这个想法只是为了描述哪个原子与哪个键合。）
为什么正己烷不溶于蒸馏水？
水，无论是否经过蒸馏，都具有异常的高沸点，这是因为水的一种特殊性质。它具有极强的极性：因为氧原子将共享电子拉向它，所以水分子中的氧原子带负电荷，而氢原子带正电荷。结果，水分子通过氢键结合在一起：不同分子之间的键不是化学键而是电磁键，其强度约为化学键的 10%。这解释了为什么水在室温下不是气体。正己烷没有明显的极性。正己烷分子由氢和碳组成，它们的电子负性相当。因此，正己烷分子之间几乎没有电磁吸引力。当正己烷分子溶解在水中时，需要破坏大量氢键，而不会添加新键。这在能量上是不利的。因此，正己烷不能溶于水等极性溶剂。
环己烷储存条件1.本品应镀锌铁桶装，１５０ｋｇ／桶。本品属于二级液体。应贮于阴凉、通风仓库内，远离火源、热源，防止阳光曝晒，与氧化剂分开存放，搬运时轻装轻卸，防止破损。铁路危规编号６２００６。2.储存注意事项 储存于阴凉、通风的库房。远离火种、热源。库温不宜超过37℃。保持容器密封。应与氧化剂、酸类、碱类分开存放，切忌混储。采用防爆型照明、通风设施。禁止使用易产生火花的机械设备和工具。储区应备有泄漏应急处理设备和合适的收容材料。