随着粉尘在滤料表面的积聚，除尘器的效率和阻力都相应的增加，当滤料两侧的压力差很大时，会把有些已附着在滤料上的细小尘粒挤压过去，使除尘器效率下降。另外，除尘器的阻力过高会使除尘系统的风量显著下降。因此，除尘器的阻力达到一定数值后，要及时清灰。清灰时不能破坏初层，以免效率下降。袋式除尘器高的除尘效率是与它的除尘机理分不开的。
定期对除尘设备进行检修，发现有损坏的滤袋、骨架、脉冲阀等零部件应及时进行 换；风机应定期添加机油；卸料器等装配有减速机的设备要定期加注润滑油、润滑脂；设备连接处填充的密封物（橡皮、胶垫、石棉垫等）随着时间的延长会老化变质、损坏脱落，造成漏风加剧，应定期进行 换，设备的正常运行。
运行过程中应尽量减少漏风率；滤料的静电效应，防止可燃气体或粉尘可能引起的燃烧或。通过观察袋式除尘器前后排出气体颜色的变化情况，大体可以判断除尘器的运行工况。