产地不同：普通鸭蛋大部分都是在内陆小湖小泊中人工养殖的鸭子产的蛋，海鸭蛋是由海边城市天然放养的海鸭所产的蛋。
喂食饲料不同：普通鸭蛋一般以人工饲料或者湖中的淡水鱼为食，为了保证其质量以及产蛋的数量，一般主要还是人工饲料为主，而海鸭蛋是由海边城市天然放养的海鸭所产的蛋，其主要以海中的小鱼、小虾、小螺以及小蟹为食，无添加，这种海鸭十分肥美。
营养价值不同：食用海鸭蛋对人体多么有益，关键是其营养不仅丰富，但是其胆固醇含量还只是鸡蛋的50%，而普通鸭蛋营养价值就比海鸭蛋营养价值就逊色很多。
为什么咸鸭蛋的蛋黄不咸，蛋白那么咸呢？
盐通过蛋孔作用于蛋白膜，蛋白膜在渗透压的作用下，使盐进入蛋白内；当蛋白内的盐浓度达到一定程度时，盐在蛋黄膜表面产生强大的渗透压，钠离子和氯离子经过这层膜进入到蛋黄内，使蛋内的盐含量随着腌制时间的延长而增加,尤其是蛋白含盐量增加幅度大； 而蛋黄因脂肪含量高，会阻碍盐的渗透性和扩散性，造成蛋黄含盐量相对蛋清较低。蛋内与料液之间的渗透压达到基本平衡时，盐在蛋内的渗透和扩散作用呈动态平衡状态。
鸭蛋的外观都是一样的，我们很难通过外表区分出来。海鸭蛋和普通鸭蛋较大的区别就是蛋黄的颜色，海鸭蛋的蛋黄颜色要更深一点。一些商家抓住了这个特点，会给鸭子喂养色素等添加剂，这样鸭子生出来的鸭蛋蛋黄颜色就更深一些，然后通过这种方式冒充海鸭蛋混入市场谋取暴利。
其实咸鸭蛋蛋黄里的“油”是蛋中原本就有的。不过海鸭蛋还是一颗小鲜蛋的时候，蛋白质与脂肪能均匀地混合成乳状液，油脂被分散成很小的油滴，并且每个小油滴外面还被蛋白质和水膜包裹着，被密闭在水膜内的油脂就跟隐身了一样，我们的肉眼看不出来。