洁净厂房建筑方式可分为土建结构和装配式两种，其中普遍采用装配式。装配式洁净厂房系统主要由初，中，高三级空气过滤的空调送风回风和 排风系统；动力及照明系统；工作环境参数的监测报警消防和通讯系统；物流系统；工艺管路系统；维护结构及静电地面处理等各方面所要求的实施内容组成，形成空调净化系统工程所包含的整个设备和器材的配套和建筑安装内容。
洁净室可以是单向流和非单向流组合在一起的混合流型，以在局部区域（单向流部分）实现高的级别的洁净室。例如，在洁净室中设水平单向流的“隧道”（一侧敞开），洁净室的其余部分是涡流的单向流流型，从而实现“隧道”部分达到5级以上洁净度，工作台就设在“隧道内”。
洁净室要达到洁净等级，必须有综合措施，其中包括工艺布置、建筑平面、建筑构造、建筑装修、人员和物料净化、空气洁净措施、维护管理等。
在洁净厂房装修中，要严格控制建筑物的耐火等级，设计时将建筑构件的耐火性能与厂房的耐火等级相配套，从而大大减少了火灾发生的可能性。而且必须注意装修材料的燃烧性能，尽量减少使用一些高分子合成材料，以避免火灾发生时产生大量烟气，不利于人员逃生。
洁净厂房的施工应遵循主体结构完成、门窗框安装、防水处理、吊架安装并检测、电气安装、墙顶门窗安装、灯具安装、地面装修、验收、调试、检测等流程。
洁净厂房施工验收注意事项：
1、洁净厂房工程竣工后，施工方应提供关于工程详细情况的工程施工说明书，包括：工程及其功能作用，性能，验收的竣工图，和设备清单及库存备件。
2、各类设施或系统应配存一套明确的使用说明书，包括：设施启动前应完成的检查和检验计划，设施在正常和故障方式下启动和停运程序，报警时应采用的程序。