1.商标入股出资程序不同
两种出资方式均需要商标注册人与被投资企业达成一致意向后展开，需将商标注册人的商标权或独占使用许可验资计入注册资本中。
注册资本也叫法定资本，是公司制企业章程规定的全体股东或发起人认缴的出资额或认购的股本总额，并在公司登记机关依法登记。
因此，按照出资程序，以商标权出资需要商标注册人向商标局申请将商标权转让给被投资企业，经商标局核准后，自公告之日起商标权归属被投资企业，才意味着注册人完成出资。
而以商标使用权出资时，注册人与被投资企业签订的是商标独占使用许可协议，因此需要把协议向商标局备案。
商标使用权入股合作协议：商标就是公司或企业的重要财产，是区别与其他商品的重要标志，也是用户辨认的很重要方式之一，但是商标的取得必须经过规定程序才能取得，这样其他公司不能侵害该公司已登记的商标。商标入股签订入股协议书的注意事项：投资的形式(是借贷还是入股)，如是借贷，要考虑行业风险溢价，提高资金的回报率。如果是入股，注明占公司股份的多少，注明相关的权利和义务。因此，按照出资程序，以商标权出资需要商标注册人向商标局申请将商标权转让给被投资企业，经商标局核准后，自公告之日起商标权归属被投资企业，才意味着注册人完成出资。目前，我国仍有企业对商标权评估的作用不了解。事实上，对商标进行评估，不仅有利于企业摸清自己的家底，而且还有利于企业确定未来的发展战略。
商标入股应注意：在决定入股一个公司之前，需要弄清楚这家公司的管理机构的设置、财务状况、盈利状况、经营状况、税费的缴纳、对外负债；公司的股权颁布，公司经营和管理中是否存在一股东独大或者实际操纵公司。商标权出资存在什么风险：商标使用权“转让”在法律界定上存在问题。按照我国法律中等民商法的法学理论，财产权的转让不仅可以指所有权的转让，还包括占有权、使用权、收益权、处分权等各项权能的单独转让。商标权评估的意义有利于企业投资入股商标权评估作价后，企业可以充分利用这一无形资产进行投资入股。