这一阶段应严格控制挖土的程序和深度，注意要均匀挖土，对于结构体大的井体，根据需要，必须安排多个作业面，同时对称均匀挖土。实际上在挖土下沉时不可能是竖直均匀下沉，每沉一次，难免有些倾斜，继续挖土时，可在井体倾斜的反方向一边增大挖土量。当下沉到后阶段时，由于沉井井体很大部分进入土中，受土体侧向约束作用，摩阻力增大，沉井将会出现下沉困难，而倾斜的可能性就很小了。沉井穿过含水层，应尽量采取排水法挖土下沉。这种方式劳动条件好，挖土正确，轻易把持和纠偏，土层中如有障碍物易被发明和消除，沉井沉到设计标高后，能直接检讨地基土壤，还可进行干封底。
沉井挖土下沉是沉井施工中非常重要的一道工序，也是施工中必须引起重视的一个环节。沉井在混凝土井壁浇筑完成并强度达到设计强度后，就可进行挖土下沉。沉井下沉至设计标高后，在封底之前应检验基底的地质情况是否与设计相符。基底面应整平、无浮泥和残留物。清理干净的基底有效面积不得小于设计要求。导管不能进水。混凝土面的终灌注高度，应比设计值高出150mm以上，待混凝土达到设计要求后，再抽水，凿除表面松弱层。
井所用的模板表面必须平整光滑，制作时做到拼缝严密，相邻块高差符合要求。采用加重法即在沉井顶面铺设平台，放上泥土、沙袋或石块等重物，使沉井有足够的下沉自重。在刃脚遇到障碍物的情况下，必须先清除后再下沉。清除方法是人工排除，在不能排水的情况下，由洁水工进行下切割或者水下。在开始阶段，要经常检查沉井的平面位置，在纵横方向都应作好标记，随时注意防止较大的倾斜。在中间阶段，可能会出现下沉困难的现象，但在上节井体接高后，下沉又会变得明显，且仍可能出现偏斜事故。