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1886-1888年德国科学家赫尔里格尔（H.Hellriegal）在砂培条件下证明，豆科植物只有形成根瘤菌才能固定大气中的氮。1888年荷兰学者贝叶林克（M.W.Beijerinck）分离了根瘤菌，这是微生物肥料方面的突破。现已明确那是根瘤菌的作用。这些细菌的发现，促使了家美国公司纳特尔公司于1898年生产和销售了土壤细菌接种剂。自此以后，就有诸多的细菌制剂用于土壤和农作物种子的拌种和包衣。

20世纪20年代，又有一些新的微生物制剂用于大田土壤和农作物，但效果不甚理想。

据中国农业年鉴1990年资料，存栏数约3.4亿头，牛近1亿头，马骡驴2700万匹，这些家畜排泄物数量大，养分丰富，是中国农村大的有机肥资源。其中猪每年可为农业生产提供氮素130多万吨，磷素85万吨，钾素180万吨；大牲畜可提供氮160多万吨，磷83万吨，钾110多万吨。加上每年有30多亿只家禽和10多亿只兔，其提供的养分量占农村有机肥料总量的63%～72%。

有机碳比对照提高0.09%～0.19%，容重降低0.03～0.1克/厘米3，总孔隙度提高1.1%～3.8%，毛管孔隙度提高3.45%～5.0%，田间持水量提高2.49%～4.24%。

中国农业科学院土壤肥料研究所与山东莱阳农学院在山东莱阳进行的9年施用有机肥及有机肥与无机肥配合验结果看出，施用有机肥料对土壤中磷、钾养分平衡有十分重要的作用。