?申请高新技术企业认定存在的问题
研究开发投入对自主创新能力建设的贡献率比较低，产学研分离，投入不能有效的转化为产出。
我国高新技术企业研究开发规模不断扩大，投入强度屡创历史水平。然而．相对投入的高发展，我国科技投入产出则显滞后。根据国家科技部的《中国高新披术企业自主创新能力分析报告》，我国每年取得科技成果的转化率只有20％左右，形成规模效益的只有15％．约80％处于闲置状态。而且这20％转化的科技成果所生产的一半以上尚处于通过外延扩张的发展态势，在产业链延伸、附加值提高方面仍有待进一步的加强。
?申请高新技术企业认定存在的问题
我国高新技术企业管理能力普遍较低，制约高新技术企业发展。
不同管理模式对高新技术企业自丰创新能力育较大影响，自主创新能力与企业管理能力证相关。企业的技术创新活动从立项到终产品销售到企业日常管理过程的环节中，任何一个环节出错都能导致失败。任何一项技术，即使设计无缺陷，企业管理水平的落后也会使其无疾而终。我国高新技术企业规模普遍较小，管理水平落后．严重限制了高新技术企业的发展。
?申报国家高新技术企业从纳税规划做起
“加计扣除”是国家一项鼓励企业开展研发活动的税收优惠政策。企业开展研究开发活动发生的研发费用，可按150%的比例，抵扣当年的应纳税所得额(或税前摊销)。
需要注意的是：加计扣除稽查率20%，因此建议企业留存备查资料，涉及退税建议出具加计扣除审计报告。建议期间费用明细表研发费用金额与加计扣除明细表金额一致 。（很多企业被稽查原因是两张表金额差异大）
是高新技术企业的年报：
高企资格有效期内，累计两年未填报年度发展情况表的，将被取消高企资格。所以每年5月底前，企业要在“高企认定管理工作网”及时填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况表。
高新技术企业评分包含知识产权评分和科技成果转化评分，分数高低取决于知识产权数量。科技成果转化满分要求三年平均五个，故建议每年保持五个左右的新增知识产权。