洁净厂房的施工应按设计文件、合约的内容实施。当修改设计时，应经原设计单位的确认、签证，并得到建设单位的同意。建筑平面设置应该属建筑的范畴，但由于食品/饮料无菌洁净车间要求人、物分流，并要保持各洁净操作间的静压梯度因此，该工程中建筑平面要求具备以下几点： 1、各净化操作间集中设置独立前室为气闸，气闸室与各操作间同时相通，确保低洁净区的空气不向高洁净区渗透。
更衣间放在外，主要供更换衣帽、鞋子等；缓冲间位于更衣间与风淋室之间，也可同时和几个操作间相通系统采用集中过滤系统，出风安装铝合金百叶和铝合金散流器出风口，采用上送风下回风方式，保证送风的均匀，为避免进出洁净室的工作人员带进微粒使洁净度达不到要求，加装风淋室一套，并配置更衣间，保证人员进入前通过风淋净化。洁净厂房工程竣工验收的系统调试，应在建设单位和监理单位的共同参与下进行，由施工企业负责进行系统调试、检测，承担调试的单位应具有调试、检测专职技术人员和符合本规范规定的测试仪器。
车间的地面要用防滑，坚固，不渗水，易清洁，耐腐蚀的材料铺制，食品厂净化车间的地面表面要平坦，不积水。车间整个地面的水平在设计和建造时应该比厂区的地面水平略高，地面有的斜坡度。洁净室内工作人员应尽量减少走动，减少气流干扰，不得化浓妆和佩带外饰物，操作人员好戴洁净手套进行操作。在工作活动中，要禁量考虑减少发尘量。一般来说在车间中的照明方式有三种，分别是一般照明、局部照明和混合照明。一般照明是指不需要考虑局部的特殊需求，只需要为整个环境提供照明即可的照明方式。
洁净车间应具有良好的自然条件。如通风、日照条件良好,空气清新,地势高燥,排水方便,自然地面坡度不宜过大。对丘陵地区,宜用山坡地、土质坚实。尽可能的远离可能或潜在的污染源,不建在水库下游和防洪堤坝附近。洁净车间要远离有害场所,生产性建筑物与厂外公路或道路应有防护地带,其距离可根据各类食品厂的特点参照卫生规范执行。同时,洁净车间应采取必要的绿化措施,以改善区域小气候,减少扬尘,降低外来噪声,美化环境,防治污染。对净化级别要求较高的还有生化实验室和高精纳米材料生产车间，此外互联网芯片的发展也将是未来需求的一大方向。