首先要进行接种和样品的淘洗和浓缩，然后开始离心。
a. 两虫检测离心机应放在牢固的工作台或地板上，尽量减少晃动。
b. 平衡对称的离心管，和适配器、离心桶一起平衡，重量差别不超过0.5g， 尽量减少摆动。注意：如果离心管不被平衡则会产生额外的震动，影响到目标物的沉淀。
c. 设置离心机参数2000g，15min。样品在离心机中自然惯性停止，不可使用刹车系统急停。
d.用真空泵或蠕动泵吸取离心管中的上清液，在进口处装一个移液器以减少进口的真空力度。终留取5-8ml（可预先在管上做好标记）。流速控制在200±20ml/min。注意把移液管放到液面中心，接近液面处上吸取上清液，以减少沉淀的损失。
e. 将离心管中的剩余的浓缩液在涡旋混合器上混匀20秒。
f. 用缓冲液润洗移液器将所有液体转移至L型试管中。（注意：移液器需要用缓冲液润洗下，是为了避免移液管壁因干燥而将两虫挂壁。）
g. 使用纯水清洗两次移液管（如剩余体积为7ml,则每次1.5ml）,并将清洗 液移入同一个L型试管中，每次冲洗后都要停留20秒再移出液体。
两虫检测离心机离心和移液结束后，再进行两虫的捕获和染色，然后分析检验的结果就可以判断两虫的情况了。
为什么要进行“两虫”检测
首先，便于协同调整水处理方案，水中两虫越多就需更多的处理以期降低其在水中的含量。
其次，保护公众，因为两虫会影响饮用者身体健康，染上疾病后的救治成本远高于提前预防成本；
另外，一旦发生规模性染上，供水公司必将承担相应的法律责任。
水是人之生存根本。从饮用水的安全角度出发，应重视两虫对人体健康的危害，加强从头到用水点的全流程控制和去除灭活，很大限度降低“两虫”危害。
贾第鞭毛虫和隐孢子虫是两种严重危害水质安全的、寄生于人和动物体内的原生虫，主要通过饮用水和食品等途径传播疾病。
贾第鞭毛虫的致病性小，它引起的疾病被人们广泛接受。但隐孢子虫卵囊体积更小，抗性更强，其造成的危害可能更大于贾第鞭毛虫。有症状的分为急性的、亚急性和或慢性的，通常报道的症状包括腹泻、胃气涨、腹涨、疲劳、食欲不振、恶心、体重减轻、呕吐。在此期间甚至去除后乳糖不耐症都会持续。